Aunque esta zona ha sido habitada desde la Prehistoria, no fue hasta la época musulmana cuando cobró protagonismo y recibió su nombre actual. Ocupó zona fronteriza, por lo que la población fue objeto de las llamadas ‘cabalgadas’ durante años. En ellas, las tropas cristianas, acuarteladas en Cazorla, hacían incursiones en territorio musulmán con el fin de hostigar a sus habitantes.

Tras la conquista de la zona por don Fadrique de Toledo, en 1486, la reina Isabel dispuso su repoblación con vecinos cristianos para garantizar la seguridad de los caminos y el abastecimiento de pan a la urbe granadina. A partir de 1492, Guadahortuna y su término municipal pasaron a formar parte de la ciudad de Granada, hasta que en el año 1557 compró su independencia mediante el pago a la Corona de casi dos millones y medio de maravedíes, que fueron aportados proporcionalmente por sus 351 habitantes de entonces.